Župnijska cerkev je posvečena nadangelu sv. Mihaelu. Je zavetnik katoliške cerkve zoper kneza teme in malikovalstvo, katerega ime pomeni »kdo je kakor Bog«. Po svetopisemskem izročilu je nadangel Mihael kot bleščeč vojak na čelu nebeške vojske premagal Satana in ga pahnil v peklensko brezno.
Za časa pokristjanjevanja so mu, bojevniku zoper poganstvo, posvečali cerkve, postavljene na razvalinah ali v bližini poganskih svetišč. Posvečali so mu tudi krstne cerkve ali kapele ob vodah, saj je duše, ki jih je iztrgal peklenskemu breznu, pripeljal v naročje Cerkve.
Mihael je tudi spremljal duše rajnih na oni svet, zato so mu bile v srednjem veku posvečene številne pokopališke kapele.
Po ljudskem verovanju bo nadangel Mihael ob poslednji sodbi tehtal duše, zato ga navadno upodabljajo kot viteza, ki stoji ob premaganem Satanu z mečem v eni in tehtnico v drugi roki.
Sveti nadangeli Mihael, Rafael in Gabrijel godujejo 29. septembra. Cerkev se prvič omenja posredno z župnijo leta 1296 v seznamu papeških desetin oglejskega patriarhata. Leta 1300 je omenjen župnik Oton, cerkvena stavba pa šele leta 1495.

Ostanki romanske arhitekture pričajo, da je imela cerkev v srednjem veku podolžno, pravokotno, ravno krito ladjo. Njeno dolžino in širino določajo zidovi današnje ladje, ki skrivajo romansko stavbno zasnovo. Na prostoru sedanjega tristrano sklenjenega prezbiterija je bila polkrožna apsida. Posebnost šmihelske romanske cerkve pa je pod apsido urejen karner, v katerega so v srednjem veku skozi poševna jaška spuščali, ob prekopu grobov, najdene kosti pokopanih na pokopališču ob cerkvi. Kostnica pod apsido, razen obeh jaškov, ni imela drugih odprtin. Obokana je bila s kamnito polkupolo, ki so jo prebili šele v dobi baroka, ko so kostnico uporabljali za pokope pomembnejših pokojnikov.

Valvasor v Slavi vojvodine Kranjske piše, da je cerkev leta 1544 pogorela in je bila po tem letu na novo pozidana, bolj verjetno pa je, da je bila po požaru le temeljito popravljena. Leta 1653 je bil posvečen nov, tristrano sklenjen prezbiterij. Leta 1730 je bil pozidan zvonik, ki so ga leta 1857 in 1879 nekoliko povišali.

Predelave in povečave v 17. in 18. stoletju so cerkvi vtisnile neizbrisen pečat baročnega stavbnega stila. V 19. stoletju so razširili in povečali slavoločno odprtino, ki loči ladjo od prezbiterija. Leta 1870 so podrli star pevski kor in lopo, ki je bila prislonjena k vzhodni steni ladje, ter oblikovali sedanjo podobo cerkvenega pročelja. Ker je bila notranjščina nizka in temačna, so tega leta tudi znižali tlak v ladji in naredili nova okna.

Leta 1866 je cerkev dobila nov glavni oltar, ki ga je izdelal Matija Tomec iz Šentvida nad Ljubljano, oltarno podobo svetega Mihaela pa je naslikal Jakob Raspet iz Idrije.

Leta 1871 je trebanjski orglar Janez Mandlin izdelal nove orgle, pri tem pa porabil dele starih baročnih. Okoli leta 1900 je nove orgle izdelala delavnica bratov Mayer iz Feldkirchna v Avstriji.
Leta 1881 so postavili novo obhajilno mizo iz črnega marmorja. Njeni deli so danes vključeni v pokoncilsko opremo prezbiterija. Leto kasneje so nov tlak iz črno-belih plošč položili tudi v ladji in v obeh stranskih kapelah.

Leta 1886 je staro, vlažno zakristijo zamenjala nova. Ker so takrat v Šmihelu že bivale sestre notredamke, so zanje v nadstropju zakristije uredili oratorij (molilnico).

Leta 1891 je slikar Anton Cej na oboku ladje upodobil kreposti Sv. Frančiška Pavelskega, ki ga lahko prepoznamo v liku redovnika z napisom Charitas. V stranskih kapelah je Cej narisal petnajst skrivnosti rožnega venca. Njegovo delo je dopolnil Jožef Edgar Kleinert, ki je leta 1929 na oboku ladje nad pevskim korom naslikal podobo sv. Cecilije, nad slavoločno odprtino pa sv. Cirila in Metoda.

Do leta 1917 je imela cerkev štiri bronaste zvonove, ki pa so jih zaradi vojne odvzeli in pustili le enega. Leta 1923 je župnijska cerkev dobila štiri nove zvonove, bronasti zvon iz leta 1878, ki ga prva svetovna vojna ni pobrala, pa so preselili v Gotno vas. Nove zvonove je ulilo podjetje Ing. J. & H. Buhl iz Maribora. Največji, težak 1488 kg, je posvečen sv. Mihaelu, drugi (težak 740) Srcu Jezusovemu, tretji (418 kg) Srcu Marijinemu in četrti (300 kg) sv. Jožefu.

Neoklasicistični glavni oltar je leta 1866 izdelal Matija Tomec, ki je v sredini preteklega stoletja veljal za našega najboljšega podobarja. V osrednjo nišo je postavil kip sv. Mihaela v viteški obleki, ki stoji na premaganem Satanu. V desni roki drži meč, v levi pa tehtnico.

Ob osrednji niši stojita kip puščavnika sv. Antona Puščavnika, varuha živine, in sv. Roka, zavetnika pred kugo. Na stranskih lokih sta postavljena kipa sv. apostolov Petra in Pavla. Peter ima v rokah ključe, Pavel pa meč.

Oltar Žalostne Matere Božje v stranski kapeli je prišel v župnijsko cerkev iz samostanske cerkve v Kostanjevici. Zasnovan je v zrelem baročnem slogu, ki je oblikoval izdelke v sredini 18. stoletja. V osrednji niši je kip Žalostne Matere Božje z mrtvim sinom v naročju. Prsi ji prebadajo meči, ki predstavljajo njene bridkosti. Na stranskih podstavkih stojita razgibani figuri zdravnikov sv. Kozme in Damijana, ki slovita kot zavetnika lekarnarjev in zdravnikov ter kot priprošnjika za vse bolezni.

Oltar v kapeli sv. Frančiška Pavelskega je bil izdelan na začetku 19. stoletja. Vsi svetniki na oltarju so varuhi kmetov in kmečkega dela. Sv. Frančišek Pavelski v redovnem oblačilu je zavetnik pred kugo in neplodnostjo v zakonu, sv. Izidor v kmečki noši priprošnjik za dobro žetev in dež, sv. Florijan zavetnik pred ognjem. V kipu rimskega vojščaka s klasom v roki prepoznamo enega od dveh vremenskih zavetnikov, to sta sv. Janez in Pavel, ki godujeta 26. junija. Sv. Notburga v oblačilu dekle je zavetnica služkinj in kmetov ter priprošnjica za srečen porod. Atiko krasi slika, na kateri izroča Jezušček v Marijinem naročju sv. Dominiku rožni venec. Sv. Dominik velja za začetnika molitve rožnega venca. Podobo je leta 1884 naslikal slikar Simon Ogrin st. iz Vrhnike.

Podobe križevega pota je po navedbi župnika Peterlina leta 1827 naslikal Janez Wurzer iz Salzburga, njihovi okvirji iz leta 1879 pa so delo Matije Tomca. Pri podrobnejšemu opazovanju lahko ugotovimo, da sta jih naslikala dva slikarja, saj sta zadnji dve kvalitetnejši od ostalih. Motiv pieta, ki na trinajsti sliki nadomešča prizor snemanja s križa, izhaja iz baročnega ikonografskega izročila in poudarja čustvovanje Matere Božje. Upodobitev Kristusa, položenega v sarkofag v skalni pečini na štirinajsti postaji, je značilna za začetek 19. stoletja in izhaja iz grafične predloge slikarja Sengerja.

V kapeli sv. Frančiška Pavelskega je za oltarjem grob šmihelskega župnika Petra de Secolija, ki ga pokriva skromna kamnita plošča z napisom: A(dmondum) / R(everdendus) / D(ominus) / PETRVS DE SEKOLI / 1771. Zraven nje je nagrobna plošča, ki označuje zadnje počivališče barona Mihaela Zoisa, lastnika gradu Radelštajn. Plošča je počena, na njej pa je težko berljiv napis: HIC IACET ILL. DOM / MICHAEL ZOIS BARO / DE RADELSTEIN PIUS IN / DEUM ET HOMINES IN / TER PAUPERES COLLO / CARI VOLUIT REQUIES / CAT IN PARADISI / GLORIA. AMEN / ANNO MDCCLXXIX. V prevodu: »Tu leži svetli gospod Mihael Zois, baron Radelštajnski. Blag do Boga in do ljudi se je želel dati pokopati med revnimi. Naj počiva v nebeški slavi. Amen. Leta 1779.

O nekdanjem pokopališču pričajo nagrobniki, vzidani v zunanje stene cerkve. Najstarejši, vzidan v sklepno stranico prezbiterija, ima napis: ANNº MDXC MARCVS FERMENTARIN VITAM FINIVIT XXVI APRIL. V prevodu: »Leta 1590 je 26. aprila življenje končal Marcus Fermentarin. Vrsta nagrobnikov, vzidanih v zahodno stranico kapele Žalostne Matere Božje, pripada družni Langer. Nagrobniki so iz 19. stoletja. Vsi so kamniti, le zadnji je litoželezen.

Zraven nagrobnikov stoji na kamnitih stopnicah velik litoželezen nagrobnik. Monumentalen klasicističen spomenik je izdelek Aurspregove železarne na Dvoru pri Žužemberku. Na podstavek z napisi je postavljen steber, ovit z bršljanovim vencem, na vrhu stoji putto s križem, sidrom in srcem, simboli vere, upanja in ljubezni.