Župnija Šmihel pri Novem mestu spada med najstarejše župnije na Dolenjskem. Njen zavetnik sveti Mihael simbolizira zmago krščanstva nad poganstvom, pojavlja se pri najstarejših misijonskih središčih in pražupnijah Evrope. O antičnem naselju na področju Šmihela ni podatkov, so pa bili na tem predelu najdeni rimski grobovi. Zanimiva je tudi najdba med cerkvijo in kaplanijo, ko so našli denar iz časov cesarja Konstancija II, Konstantinovega sina. Denar je bil kovan v letu 350.
Župnija se z imenom Šmihel prvič omenja leta 1296, že prej, leta 1275 pa z imenom Mehovo. Marjan Zadnikar (Romanika) postavlja cerkev v trinajsto, Janez Hofler (O prvih cerkvah) pa v dvanajsto stoletje. Po Hoflerjevem mnenju si jo lahko razlagamo kot lastniško cerkev, ki so jo postavili gospodje Višjegorski kot lastniki Mehovega, zato ne preseneča, da se župnija v srednjeveških listinah imenuje po Mehovem. Tudi njen prvi po imenu znani duhovnik Oton, notar goriškega grofa Alberta, se imenuje mehovski župnik - plebanus de Meichov. Njegovega naslednika Janeza de Reypercha je leta 1336 na župnijo predlagal goriški grof Janez Henrik. Za goriškimi grofi je patronat cerkve skupaj s posestjo gradu Mehovo 1376. prešel na grofe Celjske, leta 1456 pa na Habsburžane.
V tem času je vse slovensko ozemlje južno od Drave v cerkveno upravnem oziru še pripadalo oglejskemu patriarhatu. Prav zato je toliko bolj zanimivo, da sta bila oba Otonova naslednika, Janez de Reyperch in Albert de Asburga duhovnika salzburške škofije, župnik Janez Pogen iz časa pridružitve župnije novomeškemu kapitlju pa duhovnik regensburške škofije.
Patriarh Bertold je iz pastoralnih razlogov že leta 1237 želel na ozemlju današnje Slovenije ustanoviti škofijo. To je uspelo šele Habsburžanom z ustanovitvijo ljubljanske škofije leta 1461. Ker pa je nova škofija obsegala zelo omejeno in razdrobljeno ozemlje, je Friderik III. poskusil nekaj podobnega na Dolenjskem. Leta 1493 je ustanovil novomeški kapitelj v pričakovanju, da bo kdaj kasneje prerasel v škofijo. Kapitelj je postal za šmihelsko župnijo zelo pomembna ustanova. Tedanji šmihelski župnik Janez Pogen je bil med prvimi dvanajstimi slovesno umeščenimi kanoniki (3. 1. 1496). Župnija Šmihel je bila 21. januarja 1497 dokončno pridružena kapitlju pod pogojem, da »dušno pastirstvo v župniji ne sme trpeti škode«.
Šmihelska župnija je skupaj z novomeškim kapitljem leta 1751 doživela ukinitev oglejskega patriarhata in pridružitev novi goriški ter leta 1788 priključitev ljubljanski nadškofiji.
Prvotni obseg župnije Sv. Mihaela je bil zelo velik. Zajemala je ozemlje na desnem bregu Krke od vznožja Kočevskega Roga do Gorjancev, kjer je mejila na takratno šentjernejsko župnijo. Danes obsega to ozemlje šest župnij (Dolenjske Toplice, Vavta vas, Stopiče, Podgrad, Novo mesto - Sv. Lenart in Šmihel).
Iz nje se je najprej (verjetno v 15. stoletju) izločil vikariat pri nekdanji Marijini cerkvi v Dolenjskih Toplicah, naslednja se je izločila Vavta vas (v 16. stoletju).
Stopiče so samostojna župnija postale 1767. Cerkev Marije Tolažnice, ki je slovela kot priljubljena božja pot, je pritegnila večino šmihelskih faranov. Novomeški prošt in novogoriški nadškof Karel Mihael Attems je zato želel sedež šmihelske župnije prenesti v Stopiče. Ukiniti tako staro župnijo pa nikakor ni bilo lahko, zato je nadškof Attmes zadevo rešil tako, da je sedež župnije prenesel v Stopiče, ohranil pa je ime. Župnija se je po novem imenovala župnija sv. Mihaela in Device Marije v Stopičah. Listina združitve iz leta 1770 se je v prepisu ohranila v Nadškofijskem arhivu v Ljubljani. Združitev pa se ni obnesla in župniji od leta 1788 spet nastopata samostojno pod ljubljansko nadškofijo.
Leta 1792 je postal Podgrad lokalna kaplanija (z imenom Mehovo), s 1. januarjem 1876 pa samostojna župnija.
Leta 1963 sta se na željo faranov iz šmihelske župnije izločili naselji Žihovo selo in Dolenja vas ter se priključili župniji Šentpeter - Otočec, prav tako tudi večji del vasi Sela pri Ratežu.
Leta 1967 so bile iz šmihelske župnije izločene še štiri podružnice in bile priključene novoustanovljeni frančiškanski župniji svetega Lenarta v Novem mestu. Šmihel je odstopil novi župniji vse svoje ozemlje na desnem bregu Težke vode. Na tem prostoru sta bili tudi grajski kapeli svete Ane na Grabnu in Božjega groba na Grmu, v bolnici usmiljenih bratov v Kandiji pa kapela nekdanjega gradu Neuhof.
Nekdaj samostojno naselje Šmihel je bilo leta 1979 priključeno Novemu mestu.